卫生与健康管理研究所发展目标主要是开展卫生与健康管理体制、机制科学研究，为各级医院、各级政府和卫生事业单位提供决策咨询服务；开展卫生与健康在信息管理、资源优化、品牌管理和卫生经济等方面的科学研究，为附属医院提供智力支持，为管理与经济学院学者提供实践管理平台；开展各层次的人才培训和学历提升计划，提升和改善附属医院管理人员的学历层次和结构。努力将研究所建设成为服务云南省、辐射全国的卫生与健康管理科学研究和教育基地。